Действие игры начинается в Академии героев города Невервинтера, где происходит обучение героя. Во время выпускных экзаменов на Академию происходит нападение неких таинственных культистов и их гоблинов-подручных, в ходе которого убиты многие ученики и инструкторы. Главный герой прорубает себе путь из здания, после чего узнаёт, что в ходе нападения пропали 4 существа, которые могут помочь создать уникальное лекарство от чумы, охватившей город. Как лучшего ученика, главного героя просят помочь найти этих существ.

После прохождения пролога начинается 1-я глава, основным заданием которой является сбор четырёх компонентов из сбежавших существ. Искать их придётся в различных районах города, охваченного эпидемией и отчаянием. На улицах мародёрствуют бандиты, из могил поднялись мертвецы, заключённые сбежали из тюрьмы, и во всём этом хаосе надо добраться до тех предметов, которые позволят спасти всех этих людей. После того, как герой приносит все 4 предмета паладину светлого бога Тира, леди Арибет, начинается ритуал создания лекарства. Но предатель Дестер, выдававший себя за клерика Хельма, похищает его, сбегая в свою крепость. Герой отправляется следом, дабы наказать негодяя и вернуть лекарство. Он справляется с задачей и избавляет город от чумы, но возлюбленный леди Арибет, ближайший друг Дестера, Фентик Мосс отправляется на казнь через повешенье по ложному обвинению в пособничестве предателю.

Во второй главе правитель города, лорд Нашер Алагондер, начинает расследование деятельности странного культа, сначала вызвавшего чуму, а затем всячески мешавшего её остановить. Герою предстоит разыскать штаб-квартиру культистов в окрестностях пиратского города Лускана. Собрав несколько доказательств, свидетельствующих, что культисты действуют именно из Лускана, он отправляется в сам город. В обстановке борьбы двух безумных пиратских капитанов он должен добыть ключ, открывающий путь в башню магов, в которой и затаилось зло. Леди Арибет всё больше впадает в депрессию из-за смерти возлюбленного. В конце второй главы герой узнаёт, что за действиями культа стоит некое могущественное змееподобное существо по имени Мораг. Что ещё хуже, Мораг удалось склонить на свою сторону леди Арибет, озлобленную на народ Невервинтера.

В третьей главе герой должен отправиться на поиски могущественных артефактов — Слов Силы, за которыми так же охотятся агенты культа. Герою предстоит встретиться с могущественными драконами и отправиться в прошлое, чтобы заполучить магические предметы. В конце концов, после многих нелегких испытаний, герою удалось раздобыть три Слова Власти. Тут же он узнает, что армии Лускана во главе с леди Арибет и лидером культа Маугримом уже осаждают Невервинтер. Герой немедленно отправляется туда, чтобы спасти город.

От своей союзницы, человекоящерицы Хэдралин, герой узнает, что Слов Силы не три, а четыре, что одно из них заполучил Маугрим, и что только собрав все четыре вместе можно победить Мораг. Герой с боем пробивается через захваченные районы города в штаб Маугрима. Прежде чем встретиться с ним, ему предстоит сражение с леди Арибет, которое может окончиться или ее гибелью или обращением к свету. Убив Маугрима и заполучив четвертое Слово, герой погружается в камень-источник (магическое пространство вне времени) где находится Мораг и убивает ее. После победы над Мораг Хэдралин спасает героя, открыв ему портал в безопасное место. Уничтожение Слов Власти означает ее смерть, и, прожив столь долгую жизнь, Хэдралин принимает ее со смирением. Потеряв лидера, армии Лускана обращаются в бегство, и спасенный Невервинтер чествует своих героев.