В роли члена странного секретного общества E.Y.E, вы просыпаетесь после сражения, в котором были убиты ваши напарники. E.Y.E — вооруженное подразделение Secreta Secretorum, пытающееся бороться с могущественной Федерацией — коалицией нескольких миров и планет, управляемых жестоким диктатором. Еще больше усложняют обстановку внутренние конфликты в E.Y.E между сторонами Жьян и Калтер (на стороне которой вы и находитесь). Ваша верность разрывается между двумя людьми: командиром Риманахом (ваш начальник и глава Secreta, сепаратист с громадными амбициями) и «Ментором» (вашим другом и наставником). «Ментор» пытается любой ценой помирить две враждующие стороны. Вы находитесь в центре братской войны, полной политических заговоров и попыток захвата власти, в которую вовлечены различные группировки и мегакорпорации. Эти проблемы и стали фундаментом для атаки неизвестной силы, желающей уничтожить человечество.