Главные герои - Джейкоб и Иви Фрай. Они родились в маленьком городе, за пределами Лондона. Близнецы выросли и были с пеленок обучены правилам Кредо. Однако, взгляды на средства достижения цели у них разные. Иви полагается на тактику и учитывает имеющиеся ресурсы, она скрытна, интеллигентна и остроумна. А Джейкоб импульсивен. Он стремится стать лидером криминального мира Лондона.
 

Джейкоб Фрай и его сестра-близнец Иви должны очистить город от криминальных группировок, действующих заодно с тамплиерами. Для этого им нужно возглавить преступное подполье и разрушить его изнутри. Главные помощники близнецов – угнетенные жители Лондона. Но не обойдутся они и без помощи известных исторических личностей, таких, как Чарльз Дарвин и Чарльз Диккенс. Также им помогут ассасины из других частей империи, например, Генри Грин из Индии.
Основным нововведением станет возможность переключаться между Джейкобом и Иви (аналогично игре Grand Theft Auto V). Однако сюжетные миссии будут строго определять, за какого героя вам придется играть.
Ubisoft на этот раз отказались от многопользовательского режима, сосредоточившись на одиночной кампании. По этой же причине не будет мобильного приложения-компаньона. 

Одно из самых значительных изменений в боевой системе Syndicate – акцент на кулачных боях.  Т.к.в Лондоне XIX века люди не ходят с мечами, большая часть стычек происходит на кулаках, а Джейкоб вооружен бронзовыми кастетами. Сражения стали более брутальными. Теперь для сражения можно использовать элементы декораций. Есть и более традиционные виды оружия, но их нужно носить тайком. Кроме скрытого клинка, арсенал Джейкоба состоит из: шэнбяо, отравленных дротиков, кастета, ножа кукри, шестизарядного револьвера, метательных ножей и трости-клинка. А пневматический гарпун позволяет бестгеймер нет  быстро перемещаться между постройками. Нововведение Syndicate – прикрепленное к перчатке механическое устройство, позволяющее за несколько секунд взобраться на здание, этакий крюк, с помощью которого можно мгновенно перенестись с улицы на крышу или с дома на дом, прокладывая через улицу трос.

Лондон существенно отличается от городов из предыдущих частей. Дома гораздо выше. Их фасады загромождены рекламными вывесками, по которым удобно залезать. Плюс лондонская транспортная система в вашем распоряжении: лошади, кареты, поезда, лодки. Можно угнать повозку и двигаться на ней куда угодно. И транспорт можно использовать как для передвижения, так и в боях.